Los prolegómenos del Colegio Maronita en Roma se remontan al patriarca Mousa Saade El-Akari (fl. 1524–1567) cuando en 1535 le solicitó al papa Pablo III (fl. 1534-1549) tener un colegio en el Líbano para enseñar a los alumnos la lenguas europeas, a fin de que pudieran leer las cartas enviadas de Roma sin traductores ni intermediarios, y así ser más obedientes a las indicaciones o sugerencias que el papa pudiera desear para los maronitas, y entender mejor sus mensajes. En 1567 el patriarca Miguel El-Rizzi (fl. 1567–1581) le pidió lo mismo al papa Pío V (1566 y 1572), pero pidió, además, una escuela en Roma para que algunos maronitas aprendieron allá el idioma.

Coincidentemente mientras recibía el papa la carta del patriarca, le llegó también una acusación contra el patriarca por sospecha de herejía en su doctrina. En efecto, la limitación del idioma era un problema que se prestaba a este tipo de confusiones; el tener que usar un interprete para explicar un punto doctrinal, por ejemplo, causaba malentendidos. El papa san Pío V (fl. 1566-1572) escuchó las acusaciones contra Rizzi, pero conociendo la benevolencia de los maronitas, hizo caso omiso a las calumnias. Cinco años mas tarde se reavivarían las calumnias, y el papa Gregorio XIII (fl. 1572-1585) decidió enviar al padre jesuita Giovanni Battista Eliano (1530-1589) para examinar la fe de los maronitas, y, al confirmar la fe y la fidelidad de los maronitas decidió dar cauce a la posibilidad del Colegio. Así, una vez probada la fe maronita, el 27 de febrero de 1581 llegaron a Roma los primeros cuatro jóvenes estudiantes, y fueron alojados en una casa cerca de la iglesia parroquial de san Juan de la Ficoccia, a pocos metros de la Fuente de Trevi.

Un año más tarde, el 31 de enero de 1582, el papa redactó el breve Exigit Incunbentis para convertir esa casa en el Hospicio de la Nación Maronita, y, seis meses después, el 5 de julio de 1582, fundó el Colegio Maronita en Roma, concretando, así, el deseo de los maronitas. En un inicio la intención inmediata fue la de disipar las dudas contra los maronitas, subsanar la calumnias, supervisar la impresión de sus libros litúrgicos, fomentar el estudio de las lenguas semíticas en Roma, educar al clero maronita y promover el ecumenismo. Dos más tarde, el 17 de julio de 1584, el mismo Gregorio XIII dictó la bula Humana Sic Ferunt para convertir al Colegio en residencia para seminarista o clérigos jóvenes llegados de oriente para estudiar y formarse en el Colegio Romano de la Compañía de Jesús, liceo que eventualmente se convertiría en la Pontificia Universidad Gregoriana.

El Colegio Maronita en Roma, que acogía a sus alumnos por un promedio de diez años antes de ser ordenados sacerdotes, enfrentó un fenómeno natural que se generó con sus egresados. Casi todos llegaban a muy tierna edad y adquirían costumbres y usos latinos con gran facilidad, lo que propició que se formara un grupo de eclesiásticos que fomentarían la latinización de los maronitas. Algunos de ellos llegarían a ser obispos, e incluso patriarcas, como S.B. Juan IX Majluf (fl. 1608–1633) y S.B. Gerges I Amira (fl. 1633–1644) favorables a latinización. Y por otro, aquellos que, entre nostalgias, abogarían por conservar su identidad siro-antioquena. También de estos surgieron obispos y patriarcas, como S.B. Esteban II Douaihi (fl. 1670–1704) y S.B. José VI Pedro Esteban (fl. 1766–1793), acérrimos partidarios del maronismo.

El gran promotor del Colegio desde su fundación había sido la Compañía de Jesús, por eso, al entrar en crisis por la suspensión pontificia que padeció la Compañía en 1773, se vino abajo la cantidad de alumnos que asistían a sus instalaciones, y, para darle un golpe mortal, Napoleón Bonaparte (fl.1804-1814) lo clausuró el 1 de marzo de 1798, y sus bienes fueron liquidados en 1808 por decreto imperial. Quedaría de recuerdo de estas instalaciones originales en el Borgo de Trevi (Roma) el exiguo nombre de una calle cercana a la actual Pontificia Universidad Gregoria, la Via dei Maroniti (i.e.“calle de los maronitas”).

Por este cierre, los estudiantes maronitas que llegarían a Roma, se trasladarían a vivir con los hermanos de la Congregación de la Misión de San Vicente de Paúl (conocidos como lazaristas, vicentinos o paúles), y estudiarían en al Colegio Urbaniano de Propaganda Fidei, futura Pontificia Universidad Urbaniana.

Impulsado por los patriarcas S.B. Pablo I Pedro Massa (fl. 1854-1890) y S.B. Juan XII Pedro El-Hage (fl. 1890-1898), en 1891, con la bula Olim Sapienter, el papa León XIII (fl. 1878-1903) lo reabrió como el Pontificio Colegio Maronita. El 1 de enero de 1894, ocho estudiantes llegaron a estudiar y se nombró como rector al padre Gabriel Hubarak (fl. 1894-1906). La colocación de la primera piedra del nuevo Pontificio Colegio Maronita tuvo lugar el 14 de junio de 1902 y el de la iglesia de san Marón, al lado del Colegio, el 21 de junio de 1902, ambos diseñados por el arquitecto Carlo María Busiri Vici (1856-1925), y ubicados entre Via di Porta Pinciana y Via Aurora. En 1906 se quedó sin alumnos, y, luego, causa de la Primera Guerra Mundial (1914) cerró sus puertas temporalmente, aunque Su Beatitud Elías Pedro Hoayek (fl. 1899-1931) lo auspició para que no sucumbiera, y se reabrió en 1920.

Con el comienzo de la Segunda Guerra Mundial en 1939, el Colegio se cerró por tercera vez. En este período, las oficinas de la Procura del Patriarcado Maronita en Roma permaneció activa en la sede del Colegio en Via di Porta Pinciana. Así que, sin recibir alumnos, permaneció en uso para otras funciones.

El Colegio fue reabierto nuevamente el 9 de febrero de 2000 por deseo de Su Beatitud Nasrallah Pedro card. Sfeir (fl. 1986-2011). El encargo de la restauración recayó en el entonces procurador patriarcal ante la Santa Sede en Roma, el obispo Emilio Eid (1958-2004). El Colegio quedó completamente restaurado, y el 15 de septiembre de 2001 recibió a sus primeros alumnos después de la reinauguración del año 2000.
Desde entonces la sede de la Procura del Patriarcado Maronita en Roma y la del Pontificio Colegio Maronita comparten, en la actualidad (2020), la misma dirección, Via di Porta Pinciana, 18 (00187, Roma).