El Papa León II nació en Sicilia de un padre llamado Pablo. El Libro de los Pontífices declara que San León fue un hombre recto, piadoso y elocuente que estaba bien versado en la Biblia, experto tanto en latín como en griego, y recordado tanto por sus cantos como por sus cánticos.

La iglesia occidental eligió a León para el papado en diciembre de 681 como sucesor de San Agatón, pero no pudo ser coronado hasta ocho meses después, el 17 de agosto de 682 d.C. El emperador bizantino (romano oriental) retrasó la confirmación de León al cargo de una disputa que involucraba un impuesto que los papas debían pagar al tesoro imperial cuando eran consagrados. San Agatón había recibido la promesa del emperador Constantino IV de que este impuesto sería eliminado o al menos reducido, y las negociaciones en curso al respecto retrasaron la aprobación imperial del ascenso de León a la Santa Sede.

En el breve tiempo que estuvo en la oficina del pontífice, León II logró llevar a cabo algunas políticas. El más importante de ellos fue su recepción, aprobación y publicación de las actas que surgieron del Sexto Concilio Ecuménico de Constantinopla en el año 680 d.C. El Papa León II ordenó la traducción al latín de partes de las actas del griego original para que el clero podría entenderlos en todas las iglesias de Europa occidental.

Muchas de las cartas que León II envió al rey, los nobles y los obispos de España sobreviven hasta nuestros días. En estas cartas, el Papa León II explicó los impactos del concilio e instruyó a los obispos a seguir los decretos.

Una de las herejías condenadas que León y el concilio eclesiástico de Toledo ratificaron se refería al monotelismo, la idea de que Jesucristo poseía dos naturalezas pero una sola voluntad. León hizo todo lo posible para condenar a su predecesor, el papa Honorio I (que reinó entre el 625 y el 638 d.C.), no por enseñar la herejía, sino por no oponerse agresivamente a ella.

Otro tema que trató León fue el de la situación de la importante ciudad de Ravenna en el norte de Italia. Los arzobispos de Rávena buscaron obtener el título y los derechos de los patriarcas para que pudieran estar libres de cualquier señorío directo del papado. En el tiempo que León sirvió como papa, recuperó el control sobre los arzobispos de Ravenna gracias a las órdenes del emperador bizantino Constantino IV en Constantinopla.